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如何用blast 发现新基因
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首先进行Blast类型的选择： blastp:将待查询的蛋白质序列及其互补序列一起对 蛋白质序列数据库 进行查询； blastn:将待查询的核酸序列及其互补序列一起对核酸序列数据库进行查询； blastx:先将待查询的核酸序列按六种可读框架（逐个向前三个碱基和逐个向后三个碱基读码）翻译成蛋白质序列，然后 ...
本地BLAST的基本步骤. 用makeblastdb为BLAST提供数据库; 选择blast工具，blastn,blastp; 运行工具，有必要的还可以对输出结果进行修饰; 第一步：建立检索所需数据库. BLAST数据库分为两类，核酸数据库和氨基酸数据库，可以用makeblastbd创建。可以用help参数简单看下说明。
将核酸序列（通常是dna）转录成蛋白质序列，并与蛋白质数据库进行比对。这对于发现基因编码的蛋白质特别有用。 tblastn: 将蛋白质序列与核酸序列数据库（这些序列会被转换成蛋白质）进行比对。这在寻找某蛋白质可能的基因时非常有用。 tblastx:
BLAST一般适用于针对几百到几千个碱基或者氨基酸的序列间的比对（基因片段之间的比对），当然序列长度超过上述范围的也可以比对，只不过会在解读结果时候，会存在多个 block比对 现象。 对于两条数十kb以上的序列比对，一般采用后面讲解的MUMMER，效果会更佳。
1.利用blast寻找新基因。 首先从一个已知的蛋白质序列出发，搜索一个DNA数据库，找到尚未注释的、与查询序列相关的序列匹配，得到新发现的基因和对应的蛋白质；采用多种措施（一般采用逐个序列的验证）来验证匹配结果，证实确实发现了新的基因。
实战如何使用blast寻找同源基因. 科学家在鱼（Seriola quinqueradiata）中发现了一种与寄生虫（Benedenia）抗性相关的基因（C-凝集素）。我们实战的问题中的目标是在琥珀鱼(Seriola rivoliana)基因组中找到相应的基因。 首先，从NCBI下载Seriola rivoliana基因组
本文详细描述了如何使用NCBI的blast功能比对查询基因信息，通过图解的方式提供操作流程报告和结果数据分析。 ... BLAST可用于推断序列之间的功能和进化关系，以及帮助鉴定基因家族的成员。BLAST还能发现具有缺口的能比对上的序列。 ... 用"—"来表示。
如果你手头上正好有一段刚刚获得的基因序列，不管是哪里得来的，首先你应该知道这段序列可能的类别，与哪些基因相似性最高。这时你需要用到blast这一工具来简单初步分析你的序列。下面小编跟大家一起学习blast!
②换用megablast或discontiguous megablast，观察检索结果的改变。③尝试修改Blastn的参数，观测对检索结果的影响。④找出Mlo基因的编码蛋白序列，用Blastp检索到的与Mlo蛋白同源的序列与用PSI-Blast检索到的同源序列是否有差别？⑤使用BlastX预测Mlo基因的编码蛋白。
用BLAST来发现新基因 发现新基因 • 所谓发现新基因是指在数据库中发现的一些还没有被注释 的DNA序列。例如会为下面这些理由去寻找新基因。 • ①可能会在一个感兴趣的特殊物种中（如植物或者古细菌） 想研究一个以前从未发现过的蛋白质（ 如lipocalin ）。