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【R>>ssGSEA】制作GSEA需要的gmt文件
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GSEA文件有8类基因集，基本上可以解决80%-90%用到的问题，当然，我们都还有个性化需求，这个时候就需要我们自己动手啦。
文章浏览阅读1.4w次，点赞10次，收藏33次。本文介绍如何使用R语言创建自定义的gmt格式文件，gmt文件常用于基因集合分析中。gmt文件由基因集名称、描述及对应的基因列表构成，本文提供了一个具体的示例，包括数据准备、构建gmtInfo类及实现gmt文件的输出。
欢迎关注公众号" 被炸熟的虾"，了解更多相关内容!基因集富集分析（GSEA）自定义数据集一、制作本地gmt文件GMT（Gene Matrix Transposed，基因矩阵转置）是多列注释文件，列与列之间使用Tab制表符分割。 第1列：…
在我前面的文章：clusterProfiler包进行KEGG,GO,GSEA富集分析，有介绍在GSEA分析中，在MSigDB（Molecular Signatures Database）数据库中定义了很多基因集，下载的基因集是gmt格式文件。下载的gmt格式文件，打开后可以看见是下面这个样子的：
熟悉GSEA软件的都知道，它只需要GCT,CLS和GMT文件，其中GMT文件，GSEA的作者已经给出了一大堆!就是记录broad的 Molecular Signatures Database (MSigDB) 已经收到了18026个geneset， 但是我奇怪的是里面竟然没有包括cancer testis的gene set，MSigDB的确是多，但未必全，其实里面还有很多重复。而且有不少几乎没有意义的 ...
gmt文件可能对于很多人来说比较陌生，但是对于使用GSEA（gsea-msigdb.org/）做过基因富集分析的人应该并不陌生。 gmt（Gene Matrix Transposed，基因矩阵转置）文件，里面保存的是一些基因列表的信息。
MSigDB（Molecular Signatures Database）数据库里面的gmt文件超级多，是broad研究所为他们开发的gsea分析定义的文本文件规范，就是每一行都是一个通路（基因集合），每个行所代表的通路可以是不限制的列。但是第…
前言 我是在y蜀黍的书里 (搜索clusterProfiler book 即可找到)看到了一个叫msigdbr的包，就是把MsigDB的那些基因集合都R语言化了。那么以后想做GSEA和GSVA，就可以不用去下载gmt文件啦! 1.R包和示例数据
GSEA--制作自己需要的gmt文件GSEA文件有8类基因集，基本上可以解决80%-90%用到的问题，当然，我们都还有个性化需求，这个时候就需要我们自己动手啦。
文章浏览阅读5k次，点赞2次，收藏10次。这篇博客介绍了如何利用R语言将基因集转换成gmt文件格式，适用于GSEA或GSVA分析。主要内容包括gmt文件的结构、使用cat和print函数生成gmt文件，以及sink和lapply函数的应用。