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怎么修改vcf文件
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对于vcf文件和plink文件是经常用的文件，对于基因型数据的处理，一般分为： 数据质控; 数据提取; 染色体修改名称; 样本修改名称; 今天介绍一下vcf文件的三个处理方法： 1，染色体修改; 2，样本名称修改; 3，样本提取; 用到的软件是bcftools，用到的系统是Linux。 1 ...
在VCF文件中第一列是CHROME染色体信息，许多软件对染色体信息列具有比较特殊的格式要求，最近遇到一个问题，VCF文件中染色体格式是"chr1A"，而参考基因组的染色体格式是"Chr1A"，两者首字母大小写不一样，导致识别时出错。另外用bcftools也能进行这项工作，首先用一个txt文档存储染色体对应 ...
讲一讲我今天找到的一个Excel表格文件转vcf通讯录文件的方法吧。适合批量Excel转换vcf格式。也许有些人不知道vcf是什么格式。那我简单说一句：vcf格式也叫vCard文件，是通讯录的文件格式，一般常用来导入导出，分享之类
大家好，我是邓飞。 对于vcf文件和plink文件是经常用的文件，对于基因型数据的处理，一般分为： 数据质控 数据提取 染色体修改名称 样本修改名称 今天介绍一下vcf文件的三个处理方法： 1，染色体修改 2，样本名称…
2022-12-24vcf文件获取样品名称，染色体名称，修改. vcf-query -l xx.vcf. 在进行admixture运算时，需要染色体名称为整数，常需要提取vcf文件中的染色体名称，并进行修改，需要以下几步。
修改vcf文件中的染色体名 问题描述. 在生物信息分析过程中，常常需要修改 vcf 染色体名称，即删除染色体名中的chr字符或添加chr字符到vcf文件中。 这里使用shell脚本和bcftools两种方式实现。大致比较了一下，shell脚本在速度上稍微快一些。 1. 通过 shell 脚本实现
bcftools +setGT in.vcf -- -t ./x -n c:'m/M' 参考例子来写完全没有难度，但是找到对的工具确实花了很长时间，目前似乎没有介绍这方面的文章，记录一下方便自己帮助他人。
2022-06-08修改vcf文件样本名称，提取指定vcf样本. 1.修改vcf样本名. 使用bcftools的 rehead指令. bcftools reheader -s sample.file old.vcf -o new.sample.vcf-s 后面的为sample.file 指定要替换的样本名，内容如下
备注：所有示例命令行中{}中的内容均需要替换成用户真实的文件名一. 给vcf添加或替换文件头1. 应用场景 variant-calling输出的vcf中文件头缺少染色体信息，导致后续处理报错，例如：lancet和vardict 输出的vcf从数…
1. vcf文件基础知识介绍： vcf文件介绍: 做过dna重测序，群体遗传进化，bsa，gwas等项目的人都会遇到vcf文件，这个文件记录了所有样品基因组中所有位置变异（ 主要包括snp和indel ）信息。 后续几乎所有的分析内容都是基于此文件，比如进化树分析、群体结构分析、pca分析、gwas关联分析等等。