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GO的概念及用R做简单的富集分析
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GO(Gene Ontology)富集分析基因本体数据库是一个结构化的标准生物学模型，旨在建立基因及其产物知识的标准词汇体系。举个简单的例子，随机在中国挑出10000个人，这些人会有什么特征呢？如果按照男女划分，可以划分…
GO/KEGG功能富集分析中重要的是背景基因的选择，使用R clusterProfiler包对基因进行富集，需要导入目的基因（前景基因）相对应物种的参考基因组（背景基因），现阶段"bioconductor"已有十几种常见动物，如人类、小鼠等物种的OrgDb。
目前能够进行GO、KEGG富集分析的工具有很多，不同的工具之间在算法、数据库上存在不同，因此结果也可能大相径庭。 本篇就以R包clusterProfiler的方法为例（该包基于 超几何分布 的原理），展示如何基于给定的差异基因列表进行GO、KEGG富集分析。
本篇文章将用 通俗易懂的语言讲解什么是基因富集分析？有什么用？GO、KEGG是什么？和GSEA又有什么区别呢？以及如何在R语言中实现。 基因富集分析（Gene Enrichment Analysis）是一种常用的生物信息学方法，用于解…
GO (Gene Ontology)富集分析基因本体数据库是一个结构化的标准生物学模型，旨在建立基因及其产物知识的标准词汇体系。举个简单的例子，随机在中国挑出10000个人，这些人会有什么特征呢？如果按照男女划分，可以划分两大类，那如果按照省份划分则又可以划分34个大类，那如果按照高矮胖瘦划分呢 ...
1、接下来，我们通过两种R语言方法包实现基因功能相似性分析，并进行功能聚类或术语概括。 不用准备数据，本次用内置数据操作。 (1) 基于ClusterProfiler包 以下是出图以及完整的R代码，包含了数据加载、GO富集分析、术语相似性计算、聚类和可视化的步骤。
clusterprofiler 是一个发布在 Bioconductor 上用于组学富集分析的R包工具，目前已经更新到了第4个版本，有关clusterprofiler的详细使用方法，请参考官方的 说明文档，这里只是为了帮助大家能够快速上手完成一个基因富集分析的任务。
3.GO富集及可视化 #3、GO富集 ##CC表示细胞组分，MF表示分子功能，BP表示生物学过程，ALL表示同时富集三种过程，选自己需要的,我一般是做BP,MF,CC这3组再合并成一个数据框，方便后续摘取部分通路绘图。
生信学习之通路富集一（GO分析）： 富集分析的理论知识 富集分析 （Enrichment Analysis）是一种广泛应用于 生物信息学 研究的统计方法，主要用于检验一个基因集合中某些功能或特征的富集程度。富集分析的主要目的是从大量基因数据中找出有生物学意义的模式和功能。根据分析的目标和方法，富集 ...
GO (Gene Ontology)富集分析基因本体数据库是一个结构化的标准生物学模型，旨在建立基因及其产物知识的标准词汇体系。 举个简单的例子，随机在中国挑出10000个人，这些人会有什么特征呢？