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NT库本地化全记录
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本文记录了我本地化NT库的整个过程，包含如何批量下载NT全库，下载taxdb、如何输出物种信息等。 设置BLASTDB环境变量 BLASTDB 环境变量对于BLAST定位数据库非常重要，当运行BLAST时，程序需要知道存储序列数据库的路径，就是通过这个环境变量来找的。我这里将 BLASTDB 设置为 /rd1/dev/BLASTDB （写到 ...
文章浏览阅读4.6k次。本文详细介绍了如何通过下载NCBI nt库，校验、合并并构建本地blast数据库，以提高基因测序数据BLAST搜索效率。步骤包括自动下载、包验证、软件安装与配置，旨在帮助科研人员提升工作效率。
五、nt库按物种拆分及构建索引 1. 数据库简介 NT库是目前最全的物种基因信息数据库，里面存放了已知物种的全部DNA序列信息。 NT库是ncbi最著名的数据库之一，也是生物信息分析中常用的库。
需要将所有的文nt库文件全部下载! 下载完成后解压即可。下载好的数据是已经完成建库的，可以直接运行 blastn 进行比对。 提取分类信息 处理blast结果
可惜的是，如果网速不好，80多GB的压缩文件，很难下载下来，最好用我们之前介绍过的Aspera软件高速下载，其安装方法见之前文章： Aspera：基因组数据高速下载利器，以NCBI和EBI数据下载为例 Aspera下载nt库：
taxid_map.txt（第1列GenBank accession numbers，第2列Taxid） Name.tsv（第1列GenBank accession numbers，第2列Taxid，第3列物种名称） 假如用nt.gz建库 nt.gz解压后是NT库的fasta文件。如果不需要物种信息的话，直接makeblastdb建库就行。如果balst结果要有物种信息，则需要提供GenBank accession numbers和Taxid对应关系，类似上面的 ...
前言：Blast最新版是2.10.0，同时因为项目需要，要做NT数据库，也就是核酸数据库的本地化。（NT是核酸库，NR是蛋白质库） Blast下载及安装 我选择用axel下载软件的源码，不知道axel的可以翻我之前的文章，解压即可使用blast
NT库本地化全记录NT库本地化全记录的过程如下：设置BLASTDB环境变量：步骤：将BLASTDB环境变量设置为存放BLAST数据库的路径，例如/rd1/dev/BLASTDB。
校验结果与上述下载的两个md5文件比较。 2.本地建库. 建立索引步骤放在后台运行，考虑避免建库出现错误，添加了 -logfile 函数，记录建库的过程。 nr本地化 nohup makeblastdb - in nr -parse_seqids -hash_index -dbtype prot -logfile nr_logfile &
命令中增加-P 33001 注意：大写P 2.获取nr/nt子库信息 参考文章： Nr数据库子库构建 - 云+社区 - 腾讯云 在经过基因组组装或转录组差异基因表达量分析之后，对其结果进行注释是比较重要的一步，如何注释以及如何得到精确的注释结果？