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PLUMED系列-Trieste使用PLUMED分析轨迹
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PLUMED系列-Trieste使用PLUMED分析轨迹 生信杂谈 关注 IP属地: 内蒙古自治区 2019.03.23 06:55:15 字数 1,362 翻译自: Trieste tutorial: Analyzing trajectories using PLUMED 目标 主要是熟悉PLUMED语句，并用来写简单的CV (collective variable)进行分析已有的轨迹 流程
该教程计划每周自己做一个 转载请联系，且保留链接 翻译自:Trieste tutorial: Analyzing trajectories using PLUMED 目标主要是熟悉PLUMED语句，并用来写简单的CV(collective variable)进行分析已有的轨迹 流程 写一个简单的PLUMED输入文件，使用PLUMED driver来分析轨迹 使用GROUP关键字进行压缩和快速的构建
PLUMED提供许多操作用于计算网格上的函数值。 比如说，你计算了关于某个CV的FES（使用HISTOGRAM和CONVERT_TO_FES），会需要输出一系列离散点上的FES值。
The structure of a PLUMED input file The main goal of PLUMED is to compute collective variables, which are complex descriptors than can be used to analyze a conformational change or a chemical reaction. This can be done either on the fly, that is during molecular dynamics, or a posteriori, using PLUMED as a post-processing tool.
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Plumed是一个强大的分子模拟数据处理工具，可以在模拟的过程中逐步分析，也可以保存模拟的轨迹做后分析。本文紧接前面的"增强采样软件PLUMED的安装与使用"文章，还有"直方图与核密度估计"文章。介绍了如何使用Plumed后分析工具，对输出的反应坐标的轨迹进行核密度估计。
Plumed一般就是两种用法：要么在运行分子动力学模拟的过程中实时的对接，要么就是把分子模拟的相关轨迹保存下来，然后再使用Plumed进行后分析，本文介绍的是后面这种使用方法。 轨迹准备做后分析，我们要先准备一手轨迹。
Plumed是一款强大的分子模拟数据处理工具，支持实时分析和后处理。本文介绍了如何使用Plumed对分子模拟轨迹进行后处理，特别是如何利用Plumed进行核密度估计，生成反应坐标的概率密度曲线。
PLUMED系列-Trieste使用PLUMED分析轨迹翻译自: Trieste tutorial: Analyzing trajectories using PLUMED 主要是熟悉PLUMED语句，并用来写简单的CV (collective variable)进行分析已有的轨迹 在线轨迹包: 文件
3、PLUMED分析方法 PLUMED系列-Trieste使用PLUMED分析轨迹 英文版： Trieste tutorial: Analyzing trajectories using PLUMED 中文翻译版： PLUMED系列-Trieste使用PLUMED分析轨迹 未完，待续。 。。