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PLUMED系列-Trieste使用PLUMED分析轨迹
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该教程计划每周自己做一个 转载请联系，且保留链接 翻译自:Trieste tutorial: Analyzing trajectories using PLUMED 目标主要是熟悉PLUMED语句，并用来写简单的CV(collective variable)进行分析已有的轨迹 流程 写一个简单的PLUMED输入文件，使用PLUMED driver来分析轨迹 使用GROUP关键字进行压缩和快速的构建
After you have prepared a proper plumed.dat file, you can use it with the following command > plumed driver --plumed plumed.dat --mf_xtc broken.xtc Visualize the resulting trajectories using VMD. Since the gro files already contain atom names, you do not need to load the pdb file first. For instance, the first trajectory can be shown with
大家学习PLUMED的时候建议先把manual的基本知识过一遍，当然，要学习与自己相关的效率最高。 但是有的人有些强迫症，非要通读。 我也有一点这个坏毛病，我是做金属的，但是PLUMED其实主要是搞生物那方面的，蛋白质这种东西，一些相关的例子我也看了了一些 ...
技术背景 在前面的几篇博客中，我们分别介绍过Histogram算法的使用、Plumed安装与简单使用。Plumed一般就是两种用法：要么在运行分子动力学模拟的过程中实时的对接，要么就是把分子模拟的相关轨迹保存下来，然后再使用Plumed进行后分析，本文介绍的是后面这种使用方法。
Plumed是一个强大的分子模拟数据处理工具，可以在模拟的过程中逐步分析，也可以保存模拟的轨迹做后分析。本文紧接前面的"增强采样软件PLUMED的安装与使用"文章，还有"直方图与核密度估计"文章。介绍了如何使用Plumed后分析工具，对输出的反应坐标的轨迹进行核密度估计。
PLUMED系列-Trieste使用PLUMED分析轨迹. 翻译自:Trieste tutorial: Analyzing trajectories using PLUMED. 目标. 主要是熟悉PLUMED语句，并用来写简单的CV(collective variable)进行分析已有的轨迹. 流程. 写一个简单的PLUMED输入文件，使用PLUMED driver来分析轨迹; 使用GROUP关键字进行压缩和快速 ...
by running plumed driver on the reference trajectory we obtain a free energy estimate. > plumed driver --mf_xtc traj_comp.xtc --plumed plumed.dat The resulting file for the free energy should be edited in order to: Invert the sign of the free-energy and of its derivative; Remove some unused flag and regions with infinite potential at the boundaries
plumed提供许多操作用于计算网格上的函数值。比如说，你计算了关于某个cv的fes（使用histogram和convert_to_fes），会需要输出一系列离散点上的fes值。或者，你可能想要使用多multicolvardens计算某些对称函数在模拟单元内的不同点上的值。
> mpirun -np 4 plumed driver --mf_xtc fulltraj.xtc --plumed plumed_reweight.dat --multi 4 Notice that since fulltraj.xtc the four concurrent copies of PLUMED will all analyze the same trajectory, which is what we want to do now. The result will be a number of COLVAR_WHAM files, one per replica, with a number of lines corresponding to the whole ...
增加数据分析模块，包括 Plumed 重加权等系列分析功能，集成更多后处理和可视化能力。 整合plumed本身支持的额外模块整合，如部分机器学习功能。 对一些文献中的算法、方法进行实现并整合以及可视化界面的实现（如同平均力积分、快速单质相变模拟等）。