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PLUMED系列-Trieste使用PLUMED分析轨迹
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该教程计划每周自己做一个 转载请联系，且保留链接 翻译自:Trieste tutorial: Analyzing trajectories using PLUMED 目标主要是熟悉PLUMED语句，并用来写简单的CV(collective variable)进行分析已有的轨迹 流程 写一个简单的PLUMED输入文件，使用PLUMED driver来分析轨迹 使用GROUP关键字进行压缩和快速的构建
PLUMED系列-Trieste使用PLUMED分析轨迹. 翻译自:Trieste tutorial: Analyzing trajectories using PLUMED. 目标. 主要是熟悉PLUMED语句，并用来写简单的CV(collective variable)进行分析已有的轨迹. 流程. 写一个简单的PLUMED输入文件，使用PLUMED driver来分析轨迹; 使用GROUP关键字进行压缩和快速 ...
After you have prepared a proper plumed.dat file, you can use it with the following command > plumed driver --plumed plumed.dat --mf_xtc broken.xtc Visualize the resulting trajectories using VMD. Since the gro files already contain atom names, you do not need to load the pdb file first. For instance, the first trajectory can be shown with
> plumed driver --noatoms The key differences between this input and the ones that we have seen previously is the CLEAR keyword on the line AVERAGE. The instruction CLEAR=1000 tells PLUMED that the data that has been accumulated for averaging should be reset to zero (cleared) every 1000 steps.
Plumed是一个强大的分子模拟数据处理工具，可以在模拟的过程中逐步分析，也可以保存模拟的轨迹做后分析。本文紧接前面的"增强采样软件PLUMED的安装与使用"文章，还有"直方图与核密度估计"文章。介绍了如何使用Plumed后分析工具，对输出的反应坐标的轨迹进行核密度估计。
by running plumed driver on the reference trajectory we obtain a free energy estimate. > plumed driver --mf_xtc traj_comp.xtc --plumed plumed.dat The resulting file for the free energy should be edited in order to: Invert the sign of the free-energy and of its derivative; Remove some unused flag and regions with infinite potential at the boundaries
plumed可以用于分析md模拟过程中的轨迹，或用于后处理工具。md轨迹本质上是一组有序的原子构型。轨迹分析算法是一种能够从此高维信息中获取有意义信息的方法。提取有效信息时，很多与当前研究问题无关的信息会被自动剔除。
将multi 类型的 CV以及多种文献中使用较多的非官方 CV 合并集成，并提供可视化配置入口。 增加数据分析模块，包括 Plumed 重加权等系列分析功能，集成更多后处理和可视化能力。 整合plumed本身支持的额外模块整合，如部分机器学习功能。
注意，很多函数在使用时，都要先告诉plumed这些函数是否是周期变量。 即回答两个问题：1）连续移动原子时函数值是否出现 不连续点 ：不出现的话PERIODIC=NO，出现的话接着回答下个问题；2）不连续处的值是否相同：相同的话PERIODIC=A,B（A和B分别是最小/大值 ...
大家学习PLUMED的时候建议先把manual的基本知识过一遍，当然，要学习与自己相关的效率最高。 但是有的人有些强迫症，非要通读。 我也有一点这个坏毛病，我是做金属的，但是PLUMED其实主要是搞生物那方面的，蛋白质这种东西，一些相关的例子我也看了了一些 ...