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wig、bigWig(bw)和bedgraph(bdg)文件详解
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文件，就是把测序reads比对到参考基因组后的文件!bam或者bed格式的文件主要是为了追踪我们的reads到底比对到了参加基因组的什么区域，而UCSC规定的这几个文件格式(wig、bigWig和bedgraph)用处不一样，仅仅是为了追踪参考基因组的各个区域的覆盖度，测序深度!
而UCSC的ftp里面可以下载bedGraphToBigWig sample.bw 把bedgraph文件转换为bw文件，其余的转换工具都可以下载。 具体文件格式定义请直接看UCSC的官网，下面是我基于自己的理解来翻译的，没什么特殊的，建议大家看原文，然后自己翻译一个，跟我比较!
bigWigToBedGraph — this program converts a bigWig file to ASCII bedGraph format. bigWigToWig — this program converts a bigWig file to wig format. bigWigSummary — this program extracts summary information from a bigWig file. bigWigAverageOverBed — this program computes the average score of a bigWig over each bed, which may have introns.
bam或者bed格式的文件主要是为了追踪我们的reads到底比对到了参加基因组的什么区域，而UCSC规定的这几个文件格式(wig、bigWig和bedgraph)用处不一样，仅仅是为了追踪参考基因组的各个区域的覆盖度，测序深度!而且这些定义好的文件，可以无缝连接到UCSC的 ...
UCSC规定的这几个文件格式(Wiggle、bigWig和bedgraph)，是为了追踪参考基因组的各个区域的覆盖度、测序深度。 ... 如果数据大小不一样，应该使用bedGraph格式，如果数据过大，就转换为bigWig。 BigWig：简写为bw，是wig格式文件的二进制压缩版本，可在基因组浏览器中 ...
一、特点及适用场景： 后缀名：.bw，.bigwig bigWig文件为索引二进制格式 主要用于密集，连续的数据 在处理大型数据集时，bigWig文件的显示性能比常规的wig文件快得多 数据必须是连续的并且由大小相等的元素组成，如果数据是稀疏或包含大小不同的元素时，请 ...
wig和bigWig文件的优势在于可以体现出数据大小的变化和高低，例如组蛋白修饰的峰值等，一般使用MACS检测peak后可以产生wig格式的文件。 ... BedGraph 的trace type和Wig文件很像，不过后面的数据和bed文件很类似，包含染色体号、起始位置、终止位置以及value。 ...
和bed文件基本一致，只是多了： 最后第1行的设置信息 第4列的测序深度信息 4.1 bam文件转化为bigwig 将bam文件转为bw文件，有很多工具可以实现这个目标，但是我们这里只记录deeptools： 4.2 wig/bw/bedgraph相互转换工具 bedGraphToBigWig ：Convert a bedGraph file to bigWig format.
bam或者bed格式的文件主要是为了追踪我们的reads到底比对到了参加基因组的什么区域，而UCSC规定的这几个文件格式(wig、bigWig和bedgraph)用处不一样，仅仅是为了追踪参考基因组的各个区域的覆盖度，测序深度!
-d参数就是产生depth文件，-bg产生bedgraph文件，可以看到，软件将相同测序深度的连续碱基作为一个窗口。bedgraph在原始depth的基础上合并了相同测序深度的连续碱基，所以文件大小有所降低。 在bedgraph窗口计数的方式，人们又提出了wiggle格式以及对应的二进制bigwig格式，该格式的组成和bedgraph类似，也 ...